Музей истории Православия на Алтае находится на территории епархиального управления. 26 февраля 2004 года произошло официальное открытие этого музея. Экспонаты, выставленные здесь, знакомят посетителей с духовной жизнью Барнаула (с середины XVIII века) и Алтая с периода воцерковления - начала просветительской деятельности Алтайской духовной миссии (1830 г.) и до наших дней.Одной из предпосылок создания музея истории Православия на Алтае послужило то, что 2004 и 2005 годы обильно отмечены юбилейными датами в жизни Барнаула и Алтайского края. Главные из них: 175-летие со дня крещения первого коренного жителя Горного Алтая - семнадцатилетнего Элески; этот день считается началом деятельности Алтайской духовной миссии; 10-летие воссоздания Барнаульско-Алтайской епархии и 100-летие Барнаульского кафедрального собора в честь Покрова Божией Матери, долгое время служившего единственным в городе “кораблем спасения” верующих. Основу музейной экспозиции составили святыни и предметы музейного значения, переданные из Покровского собора Барнаула по благословению Владыки Максима (являлся руководителем епархии с 2002 по 2013 год). Среди них книги, много лет помогавшие священникам служить Богу и ставшие бесценными памятниками истории Православия на Алтае, иконы, облачения священнослужителей, церковная утварь.Музей истории Православия на Алтае можно назвать “первой ласточкой” в Сибири, так как среди соседних сибирских городов действующего музея такого профиля нет, а по ценности и значимости некоторые экспонаты являются уникальными.Описание залов музея  1 зал знакомит нас с историей города Барнаула, начиная с XVIII века. На тот период времени в г.Барнауле действовали 17 храмов и 2 часовни. К тому же свою специфику отражают такие факторы, как развитие миссионерства и промышленного производства на Алтае, Синодальный период в Церкви и монарший в государстве, и многое другое. Алтай привлекал внимание не только монаршего двора развитием своей промышленности, но и внимание Церкви созданием нового культурно-христианского пласта на основе аборигенов.2 зал представляет нашему вниманию историю Алтайской Духовной Миссии на Алтае, которая отображена в кратких биографиях алтайских миссионеров, фотографиях и газетных вырезках. Православие на алтайской земле распространялось и утверждалось благодаря деятельности великих подвижников, просветителей, ученых, общественных деятелей и священнослужителей в одном лице, таких как – святитель Макарий (Невский) и преподобный Макарий (Глухарев), протоиерей Стефан Ландышев, архимандрит Владимир (Петров), протоиерей Василий Вербицкий и многие другие. Все они явились примером преданного служения Церкви. Алтайская духовная миссия воспитала плеяду выдающихся деятелей: миссионеров, учителей, писателей, фольклористов – выходцев из глубины алтайского народа. 3 зал представляет основную коллекцию музейной экспозиции - святыни и предметы музейного значения середины XIX – начала XX века, переданные из Покровского собора. Среди них: богослужебные книги, вышедшие из употребления, иконы, облачения священнослужителей, церковная утварь. Имея возможность прикоснутся к богослужебным и бытовым предметам, посетители погружаются в эпоху того времени, ощущают атмосферу изучаемого и имеют уникальную возможность детально рассмотреть предметы церковной материальной культуры наших христианских предков.4 зал повествует о репрессиях на Церковь и духовенство в XX веке со стороны советской власти. Официальное количество репрессированных на Алтае достигло более 60 тыс. человек. Алтайский край стал одним из трех регионов СССР, где более всего производилось расстрелов и преследований за веру Христову. Отражая вышеизложенные события, в этом зале были собраны фотодокументы, поруганные иконы и, конфискованная в своё время, церковная утварь. Также здесь находятся письма и дневники верующих, рукописные записи богослужебных песнопений и молитв, которые втайне хранились от богоборцев многие десятилетия.